El Colegio la Milagrosa nació fuera de su parroquia. Fue en la calle Mayor Cantera #61 con el nombre de escuela de “Cristo Rey”, lo que hoy es la fachada de la Iglesia Parroquial San Vicente de Paúl. En sus inicios era una casa servía de capilla los domingos y de escuela durante la semana. Los padres de la Milagrosa eran los encargados tanto de la Capilla como de la escuela. Formalmente se inicia como escuela en agosto de 1947, con limitados recursos: un Director, dos Maestras y un personal de mantenimiento. Ambas maestras atendían niños del kinder al primer grado, con mucho amor y empeño. Su esfuerzo rindió frutos de inmediato por que para el 23 de marzo de 1948, la escuela fue reconocida por el Departamento de Instrucción de Puerto Rico. Para el 1949, la Congregación de la Misión de los Padres Paúles adquiere un terreno con una casita de dos pisos, ubicado en donde hoy conocemos como Guadalupe #9 y allí se traslada la escuelita Cristo Rey. Es así que en julio de 1950 se cambió oficialmente el nombre de Cristo Rey por el de “La Milagrosa”. Con un profesorado de maestras laicas se obtuvo en 1957 la acreditación del primero al quinto grado. A partir de esta fecha el colegio continuó creciendo en estructura y personal docente, pasando así por cambios significativos que marcaron su historia. Las Religiosas Apostolinas hicieron su labor académica para el año 1961, al igual que las Avemarianas en 1973.

Actualmente somos una institución sin fines de lucro que continúa siendo administrada por la Congregación de la Misión de los Padres Paúles y asesorada por la firma de Contadores Públicos Delgado y Delgado. Nuestra filosofía gira en torno a la caridad y amor por los más pobres. Como la de nuestro patrón San Vicente de Paúl, en su vida y obra. Esperamos con la ayuda de Dios y la Santísima Virgen.